某企业2013年企业所得税年度纳税申报的应纳税所得额为-120万元（假定以前年度均盈利并缴纳企业所得税）。2014年7月税务机关对该企业的2013年度纳税情况进行税务稽查发现如下问题：
（1）2013年度6月企业以上年工资总额的10%标准为全体职工支付补充养老保险，合计30万元，计入“管理费用”，12月进行账务调整，将超过2013年职工工资总额的5%部分12万元调整计入“应付职工薪酬-应付职工福利费”。因当年实际发生的职工福利费用未超过规定标准，2013年企业所得税年度纳税申报时，未作纳税调整。
（2）2011年已作为“坏账损失”税前扣除的应收账款30万元，于2013年8月重新收回，企业将收到款项计入“其他应付款”，2013年企业所得税年度纳税申报时未缴纳企业所得税。
（3）2013年7月，拒收供货方提供的预定货物，向供货方支付违约金4万元，企业计入“营业外支出”，2013年企业所得税年度纳税申报时未作纳税调整增加。
针对上述问题，税务稽查部门，作出如下决定，并于2014年8月制作《税务处理决定书》、《税务行政处罚告知书》通知该企业：调增该企业2013年度企业所得税所得额46万元，分别为：超过当年职工工资标准的5%补充养老保险部分计12万元不允许在企业所得税税前扣除、以前年度已作资产损失当年收回的30万元应计入所得额、支付供货方违约金4万元不允许税前扣除。同时作出补税、罚款和加收滞纳金的决定：对调增的所得额按适用税率应补缴企业所得税11.5万元，自2014年1月1日起按日加收万分之五的滞纳金和按应补税额处以0.5倍的罚款。企业未提出听证的要求，税务局下达《税务行政处罚决定书》。
问题：税务机关对该企业2013年企业所得税作出的补税（或追缴）、罚款和加收滞纳金的处理有哪些方面不当？并说明理由。

甲公司以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、销售收入总额、高新技术产品收入等指标申请并经认定为高新技术企业，属于增值税一般纳税人。2014年度相关生产经营资料如下：
（1）甲公司坐落在某市区，全年实际占用土地面积共计500000平方米，其中：公司办的幼儿园占地3000平方米，厂区内道路及绿化占地4000平方米，经营门市部占地5000平方米，生产经营场所占地488000平方米。（2）甲公司当年固定资产原值共计12000万元，其中：房产原值8000万元，机器设备及其他固定资产原值4000万元。4月1日将房产原值800万元的办公楼出租给某企业作经营用房，出租期限3年，共计租金720万元，每个季度租金60万元，在租用期的当季收取当季的租金。
（3）公司拥有乘用车20辆，整备质量为4吨的货车50辆。乘用车年基准税额为500元，货车整备质量每吨年单位税额为80元，公司计算缴纳车船税2.6万元。
（4）当年实现不含税销售额共计8000万元，取得送货的运费收入58.5万元（和销售收入统一开票，未分别核算）；购进原材料，取得防伪税控增值税专用发票上注明购货金额5176.5万元，进项税额880.005万元；另支付运输部门运输费用，取得货运增值发票上注明运费20万元，增值税2.2万元；支付装卸费用，取得增值税专用发票上注明装卸费8万元，增值税0.48万元。国庆节前，将自产产品作为福利发放给本公司每位员工，每人一套，市场含税零售价每套117元，成本正常结转。全年扣除的产品销售成本3000万元。2014年底，初次购入税控系统专用设备一台，价税合计4万元，取得增值税专用发票。
（5）“投资收益”账户记载：购买国债到期兑付取得利息收入48万元，国家重点建设债券到期兑付取得利息收入14万元。境外分回的投资收益900万元，境外当地的所得税税率为10%。
（6）发生财务费用220万元；其中包含与某商业银行借款1200万元（借期一年），支付的银行贷款利息60万元；向乙企业借款2000万元（借期一年），支付的年利息140万元，（乙为甲的关联企业，权益性投资800万，甲无法提供资料证明其借款活动符合独立交易原则）以及因逾期归还贷款支付的银行罚息20万元。
（7）发生管理费用400万元，其中包括业务招待费60万元、给职工统一制作要求在工作中穿着的工作服费用50万元和新产品开发费用120万元，不包括房产税、城镇土地使用税和车船税。
（8）发生不含税广告费740万元，取得增值税专用发票，注明税款44.4万元，业务宣传费用60万元，代销手续费5万元。另外，以前年度累计结转未扣除的广告费扣除额65万元。
（9）公司本年度在册员工500人，全年计入成本、费用中的实发工资总额800万元（其中包括支付本企业残疾职工工资60万元），拨缴职工工会经费18.40万元，实际列支职工福利费122.80万元和职工教育经费25.50万元。能提供工会经费拨缴款专用收据。
（10）营业外支出实际发生额60万元，其中包括非广告性的赞助25万元和直接向某少年宫的捐款10万元。
（11）欠乙公司货款35万元。由于甲公司资金周转出现暂时的困难，短期内不能支付已于2014年3月1日到期的货款。2014年5月1日，经双方协商，乙公司同意甲公司以其生产的产品偿还债务并豁免剩余债务。该批产品的公允价值为20万元（不含增值税），实际生产成本为12万元，企业做了如下的会计处理：借：应付账款12贷：库存商品
（12）甲企业于3月初购置《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》所列的节能节水专用设备一台，取得的防伪税控增值税专用发票上注明价款300万元．增值税款51万元。当月投入使用，进项税额已按规定申报抵扣，并已按规定计提折旧费用。
（13）2011年度甲企业发生了实际损失500万元，但因某种原因未能在当年所得税前扣除，2014年经税务机关批准允许税前扣除。甲企业2011年～2013年应纳税所得额分别为100万元、150万元和300万元。
其他相关资料：城镇土地使用税每平方米单位税额2元；房产税计算余值时的扣除比例20%；相关票据在规定期限内均通过主管税务机关认证；假定2014年度账务尚未最终结账。
要求：根据以上资料，按照下列序号计算回答问题，每问需计算合计数，计算结果保留四位小数。
（1）计算甲公司全年应缴纳的城镇土地使用税、房产税。
（2）计算甲公司全年应缴纳的增值税。
（3）计算甲公司全年应缴纳的营业税、城市维护建设税和教育费附加。
（4）分析甲公司用自产产品偿债的处理是否正确，如果不正确，如何进行会计调整。
（5）计算甲公司2014年的会计利润。
（6）计算甲公司财务费用应调整的应纳税所得额。
（7）计算甲公司管理费用应调整的应纳税所得额（包括对计划开发费用的加计扣除）。
（8）计算甲公司销售费用应调整的应纳税所得额。
（9）计算甲公司工资薪金及附加“三费”应调整的应纳税所得额。
（10）计算甲公司营业外支出应调整的应纳税所得额。
（11）计算甲公司2014年度应纳的企业所得税。
（12）计算甲公司2014年度应补（退）的企业所得税。