肛门湿疹的临床以瘙痒、局部分泌物增多、皮疹呈多形性、易复发为主要特点。由于其病程长，分泌物反复刺激，故肛门及肛周皮肤常常变厚，苔藓样变或皲裂。

大便时疼痛，便后数分钟可有缓解，之后又产生剧烈疼痛，可持续数小时至10多小时，临床上称周期性疼痛。