肛瘘的内口多在肛窦，双叶肛门镜检查时，用组织钳牵拉瘘管外口，有时间见肛瘘内口因牵拉而明显凹陷，触诊时可摸到瘘管呈索状物，探针由外口缓慢插入，有时可从内口探出，稍用力按压瘘管，有脓血流出，而肛窦炎无以上特点。

大便时疼痛，便后数分钟可有缓解，之后又产生剧烈疼痛，可持续数小时至10多小时，临床上称周期性疼痛。