心与肾在生理上的联系，主要表现为"心肾相交"。其机制可从水火既济、精神互用、君相安位三方面来理解。
（1）水火既济：心居上焦属阳，在五行中属火；肾居下焦属阴，在五行中属水。根据阴阳水火的升降理论，在上者宜降，在下者宜升，升已而降，降已而升。心位居上，故心火（阳）必须下降于肾，使肾水不寒；肾位居下，故肾水（阴）必须上济于心，使心火不亢。心与肾之间的水火升降互济，维持了两脏之间生理功能的协调平衡。
（2）精神互用：心藏神，肾藏精。精能化气生神，为气、神之源；神能控精驭气，为精、气之主。故积精可以全神，神清可以控精。
（3）君相安位：心为君火，肾为相火（命火）。君火在上，为一身之主宰；相火在下，系阳气之根，为神明之基础。命火秘藏，则心阳充足；心阳充盛，则相火亦旺。君火相火，各安其位，则心肾上下交济。所以心与肾的关系也表现为心阳与肾阳的关系。