小肠的主要生理功能是主受盛化物和泌别清浊。
（1）主受盛化物：小肠接受由胃腑下传的食糜而盛纳之，即受盛作用；食糜在小肠内停留一定的时间，由脾气与小肠的共同作用对其进一步消化，化为精微和糟粕两部分，即化物作用。
（2）主泌别清浊：食糜在小肠进一步消化的过程中，分为清浊两部分：清者（水谷精微和津液）由小肠吸收，经脾气的转输作用输布全身；浊者（食物残渣和部分水液）经胃和小肠之气的作用通过阑门传送到大肠。由于小肠在吸收水谷精微的同时，还吸收了大量的水液，因此参与了人体的水液代谢，故有"小肠主液"之说。