经络学说被广泛用于指导临床各科疾病的治疗，是针灸、推拿及药物疗法的理论基础。
①指导针灸推拿治疗：利用经络通行气血、感应传导、联系沟通、传送病邪等特性，用针灸、推拿等方式刺激腧穴，以达调理经络气血及脏腑功能、扶正祛邪之目的，并以经络学说指导针灸处方配穴。
②指导药物治疗：口服和外用的中药以经络为通道，气血为载体，通过经络传输，到达病所，发挥治疗作用。经络学说还是药物四气五味及归经理论的基础，是指导方剂组成的主要理论之一。