药品会计管理系统的主要功能是对整个药品进行查询与统计，对医院的药品实现有效监督，做到每种药品在每个环节的进、耗、存都能在药品会计系统中体现出来。要达到这一目的，该系统必须具备账务处理、统计报表和查询功能这三大功能，现分述如下：
（1）账务处理：首先是药品入库的账务处理，药品入库各种手续和发票齐全，建立药品账本并不得修改。其次是建立药品明细账，以实时掌握每种药动态流向。还要有采购情况汇总，从这一汇总功能模块中可统计出任一时段内医院中、西药库向各供应商采购药品的数量、金额。还要有药品排行榜的功能，就是在某段时间内对药品采购数量、金额汇总进行排序，可以按药品名称、供应商等方式从大到小排列，以便对采购情况进行分析和有效监督。还要有制作折扣收入申请的功能。
（2）统计报表：首先是有门诊处方统计，包括门诊、急诊各窗口的处方张数、类别和金额，每个发药窗口工作人员的工作量的统计和核对门诊收费金额。其次是医嘱统计及某一时段内病人用药医嘱件数和金额的汇总。此外，还有医嘱药单查询。通过查询医嘱药单、出院带药和退药单，了解病区用药和药房发药的详细信息。还要有各类财务报表，如药品库存材料报表，药品进销差价转账凭证，经济指标汇总表——药品入库、出库、购房药品流通情况汇总表等。
（3）查询功能：包括对特殊药品（毒麻药、自费药、贵重药、审批药）的入库、出库和结存情况查询和统计，对各供应商进药情况及金额的查询，对各级药房库存情况的查询，以及对各药库、药房调价情况的查询。