医院在实施一个完整的医院信息系统计划中，一般要经过下列几个阶段，每个阶段所花费的时间和资源多少，依医院的大小和情况不同而不相同，但实施的步骤是一样的。
（1）准备项目计划书：这是实施HIS过程中第一个最重要的文件，它要勾画出医院要上线的系统的总的轮廓。
（2）挑选供应商：在这一过程中，要对供应商的资质以及其产品的功能、技术性能和价格进行分析比较。
（3）需求分析：根据项目计划书，由开发者对医院作补充需求调查。通过对目标医院使用者的访问、调查，详细了解用户的流程与需要，以便对软件进行客户化修改，成为系统设计的依据，并建成"项目结构文档"、"目标范围说明书"、"用户需求说明书"、"测试战略"、"测试规范与通过标准"等文件。
（4）系统设计与软件客户化：这一步的总目标是把用户的要求和项目书的目标变成技术上可实现的步骤，制定出各种规范的工程时间表。
（5）系统准备与装入：就是将医院的基础数据按照系统的要求，统一、规范、格式化地表达出来，这是系统赖以正常运作的基础。软件供应商提供软件和工具，在系统正式上线前，用户将准备好的数据录入计算机，以便运转。
（6）系统测试：对系统的各项功能进行测试和验收。
（7）用户培训：一是对医院计算机技术人员的培训，使他们具有在系统正式运行时对最终用户提供技术支持的能力。另一方面是对最终用户的培训，使最终用户具有正确使用和操作各种系统的能力。