医院药学部门是医院医疗技术工作的重要组成部分，在医院院长领导下负责全院有关药品工作事宜、药事管理工作和各项药学技术服务。药学部门的工作要以病人为中心，充分运用现代药学科学和计算机网络技术，科学地管理全院药品，最大程度、及时准确地为病人提供质量高、疗效好、不良反应小和价格合理的药品，做到按法购药，按法管药，按法用药。医院药学部门的具体任务如下：
（1）根据本医院医疗、预防、教学、科研、保健的需要，按照"基本用药目录"编制药品采购计划；做好药品的供应、管理、账卡登记和进销账目统计报表工作；及时调查掌握药品科技发展动态，掌握药品市场信息。
（2）对本医院医师处方及摆药单、请领单等进行认真审核，及时准确地调剂配发中、西药处方或摆发药品。调剂配发处方和摆发药品时要严格遵守操作规程，认真核对，为病人提供安全、有效、经济的各种药品。做好退药工作。
（3）有条件的三级医院，可配制临床常用而疗效确切市场上无供应或供应不足的药物制剂。
（4）为确保药品和制剂质量，要积极开展药检工作，建立健全药品监控和质量检验、检查制度，对本院制剂进行全检，对购入药品应进行抽查，进行药品质量监控。
（5）积极开展临床药学工作。药师下临床直接为病人提供药学服务，做好咨询，开展药历和处方分析，结合临床研究合理用药。开展新药试验和药品疗效评价工作，收集药品安全性资料。
（6）运用药物经济学的原理与方法，研究医院药品资源利用状况，对医院药品使用情况进行综合评价或药品的个体评估，分析用药趋势。
（7）紧密结合临床，开展中、西药新制剂、新剂型以及药代动力学和生物利用度等临床药理学的科研工作。要积极开展技术革新，引进现代高科技领域内的新理论、新知识、新技术、新方法，控制、提高药品质量，提升医院药学的管理水平和促进医院药学科学的整体发展。
（8）承担医药院校学生实习，药学人员进修和对基层医疗机构药学技术工作的指导。某些医院药学部还应承担研究生的培养教育工作。
（9）提高科学管理水平，推行优质、高效、低耗的管理模式，在确保社会效益的前提下，积极提高经济效益。
（10）在院长领导下，组织药品法规在本医疗机构的实施，并对药品在本医院流动全过程实行监督检查。