在医院感染监测工作中，应根据具体情况选择下列各种监测方法：
（1）全面综合性监测：是指对全院所有住院病人、工作人员、环境卫生等进行持续、全面地监测，了解全院感染率、科室感染率、全院病原体分布构成及其耐药性、抗菌药物使用情况、医院感染病例的经济损失以及环境卫生学的资料等。据此，可以帮助发现工作中存在的问题，及时发现暴发流行或聚集发生，以便及时采取控制措施控制暴发流行与院内感染的聚集性发生。但全面综合性监测费时费力，工作量大，重点不突出，资料的准确性也可能成为问题。
（2）目标性监测：是指根据医院感染管理的重点，对选定目标开展的医院感染监测，如ICU病人的监测、外科术后病人的监测、新生儿的监测、抗感染药物耐药性监测等。它要求首先确定监测目标，如呼吸机相关肺炎的监测，不同重症监护室医院感染发病率的监测，不同外科手术病人的手术部位感染率的监测，血管内导管相关感染的监测。
（3）靶位监测：包括特殊部位监测、特殊部门监测、轮转监测、暴发流行监测等。