根据病人在医院中获得病原体的来源不同，医院感染可分为外源性和内源性两大类。
（1）内源性医院感染：病原体来自病人自身的体内或体表，大多数为在人体定植、寄生的正常菌群，在正常情况下对人体无感染力，并不致病；当它们与人体之间的平衡在一定条件下被打破时，可造成各种内源性感染。
（2）外源性医院感染：是指病人遭受医院内非本人自身存在的各种病原体侵袭而发生的感染。这种感染包括从病人到病人、从病人到医院职工和从医院职工到病人的直接感染，或通过物品对人体的间接感染。病原体来自病人身体以外的地方，如其他病人、医务人员、外环境等。因此，来自医院内环境的感染（如通过空气的感染），亦应属于外源性感染。