开展疾病监测工作应建立专门的组织机构，该机构应有行政职权和调查研究能力。现在世界范围的疾病监测任务是由WHO承担的，下设专门机构有血清保存中心、流行性感冒中心、虫媒病毒中心及现场监测队伍等。根据疾病预防控制工作的需要，为了达到特定目标而对某种疾病或某个公共卫生问题开展有组织、有计划地监测时，就形成了一个监测系统。监测系统可分为以下三种：
（1）以人群为基础的监测系统：此类系统以人群为现场开展工作，如我国的法定传染病报告系统、疾病监测点监测系统。法定传染病报告系统的作用是从宏观上监测主要传染病病种的动态变化，并有《传染病防治法》作保障，是我国最基本、最主要的传染病监测系统。
（2）以医院为基础的监测系统：该系统以医院为现场开展工作，主要是对医院内感染和病原菌耐药性进行监测的系统以及出生缺陷监测系统。
（3）以实验室为基础的监测系统：此类系统主要利用实验室方法对病原体或其他致病因素开展监测，例如，我国的流行性感冒监测系统，它不但开展常规的流感病毒的分离工作，而且有信息的上报、流通和反馈制度。