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根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）文规定：转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。其中，旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋和建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。
根据《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税［2006］21号）文件的规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《土地增值税暂行条例》第六条、第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5％的计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不得作为加计5％的基数。
因此，你企业土地增值税清算不能以受让方评估价扣除，应以政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格计算。按照评估价计算土地增值税，地价只能以取得土地使用权所支付的地价款作为计算依据。
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