房地产企业直接与门窗厂签订合同，且该合同额不包括在与施工单位合同总额内，属于房地产企业分别与两个施工单位签订了不同的施工合同，房地产公司与施工单位均不需要就门窗厂合同额补缴税款。
根据《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第七条规定：纳税人的下列混合销售行为，应当分别核算应税劳务的营业额和货物的销售额，其应税劳务的营业额缴纳营业税，货物销售额不缴纳营业税；未分别核算的，由主管税务机关核定其应税劳务的营业额：
（一）提供建筑业劳务的同时销售自产货物的行为；
因此，房地产企业取得门窗厂开具的增值税发票不完全符合规定，应当就货物销售额取得增值税发票，就安装劳务营业额取得建筑业发票。