防治杂菌感染的关键是充分满足蜜环菌所要求的环境条件，促使蜜环菌旺盛生长，使其在生态中占据优势的地位，从而抑制杂菌的生长。
①注意培养场地及周围环境的选择。一定要选择环境中杂菌污染少的生荒地。在准备填充土时，更应严格按要求选择处理。
②应用无污染的菌种。培养蜜环菌过程中，发现有杂菌生长，属局部小范围的可将杂菌刮掉，对不能刮掉的少数杂菌菌材可弃之不用。
③加强对木材的选择。选择培菌或栽培用的树枝，段木，要求树材新鲜，无杂菌，有霉菌污染的木材不能使用.
④培养穴不宜过大过深。菌床大小必须合适，各培养窖内培养菌材的根数不宜过多，以避免造成损失。特别在地下积水，窖穴过深，透气不良的条件下，十分有利于厌氧菌的生长，应注意避免。
⑤控制温，湿度变化。应保持穴内适宜的湿度，湿度过大应减薄覆盖物，使之通风，周围挖排水沟，干旱时应及时浇水。加大接菌量，使蜜环菌在窖内生长的很短时间内能旺盛生长并占据主导地位。这样，其他杂菌就会因得不到足够的营养而无法生存。