药用菌培养基是供药用菌组织生长和维持用的人工配制的养料，一般都含有碳水化合物、含氮物质、无机盐（包括微量元素）以及维生素和水等。
（1）、天然培养基：它是利用天然的有机物配制而成的培养基。这种培养基来源广，成本低，制备方便、很适合实际生产。但化学成分不能定量，每批成分也不稳定，因此不宜用来进行精确的科学实验。常用的天然培养基：马铃薯培养基、麦芽汁培养基、苹果培养基、麦芽培养基等。
（2）、合成培养基：指用化学成分已知的有机物或无机物配制而成的培养基。其优点是成分清楚、精确、固定，重现性强，适用于进行营养、代谢、生理生化、遗传育种及菌种鉴定等精细研究。其缺点是一般微生物在合成培养基上生长缓慢，许多营养要求复杂的异养型微生物在合成培养基上不能生长。
（3）、半合成培养基：在天然培养基中，加入部分巳知成分的化合物制成的培养基。是介于天然培养基和合成培养基之间。此类培养基在生产中使用最广泛，如PDA培养基、综合马铃薯培养基等，对于大多数药用菌都能良好生长。