常用方法：
（一）、斜面低温保藏法：菌种在适宜的斜面培养基上培养成熟后，移入4℃～6℃的低温下保藏，以后每隔2～3个月转一次。这种方法适用一般药用菌。
（二）、矿油保藏法：方法：石蜡灭菌（1.5Kg/m2压力下60min；灭菌后再放入40℃烘箱或恒温箱中使其水分蒸发至完全透明为止）；按无菌操作将石蜡注入待保藏的试管斜面内，塞外用蜡封好；保藏在4－15℃的环境中，一般可保藏5年之久。使用时不必倒出石蜡，直接挑取菌丝块即可转管。
（三）、冷冻干燥保藏法该方法的优点是具备低温、真空、缺氧、干燥的保藏条件，其保藏的时间可达1－20年，且成活率高，变异少，是目前较理想的一种方法。
在低于-15℃下，快速将细胞冻结，并保持细胞完整，然后在真空中使水分升华致干。在此环境中，微生物的生长和代谢都暂时停止，不易发生变异，故可长时间保存，一般为5～10年，最多可达20年之久。
（四）、液氮超低温保藏法本法是将保藏的菌种密封在有保护剂的安瓿管里，经控制速度预冻，再置于－150℃～－196℃液态氮超低温冰箱里保存。其原理是采用超低温手段，使生物的代谢水平降低到最低的限度，在此条件下保藏，能保持其性状基本上不发生变异。
（五）、其他保藏方法：1、菌丝球生理盐水保藏法将要保藏的菌种接入相应的液体培养基中，在适温下振荡培养5－7天后，形成大量菌丝球，将菌丝球接入5ml生理盐水试管内，塞上橡皮塞，用蜡封好在常温下或4℃下保藏2－3年。2、麦粒保藏法麦粒含水量较少时（25%），经灭菌后不能破裂。这样可使浸入麦粒中的菌丝体，在麦皮的保护及麦粒中水分的有限的供应下适度生长，以便延长保藏期。3、沙土保存法4、干孢子真空保藏法5、滤纸片保藏法。