真菌的营养菌丝可以形成吸器、附着胞、附着枝、假根、菌套和菌网等多种特殊的变态结构，并具有相应的功能以适应生活的需要。
1、吸器（haustorium）：是真菌菌丝产生的一种短小分枝，在功能上特化为专门从寄主细胞内吸取养分的菌丝变态结构。各种真菌的吸器形状不同，有球状、指状、掌状及丝状等。附着胞（appressorium）是植物病原真菌孢子萌发形成的芽管或菌丝顶端的膨大部分，可以牢固地附着在寄主体表面，其下方产生侵入钉穿透寄主角质层和表层细胞壁。
2、附着枝：是一些菌丝两旁生出的具有1-2个细胞的耳状分枝，起着附着或吸收养分的功能。
3、假根（rhizoiD.：有些真菌某个部位长出多根有分枝、外表像根的根状菌丝，可以伸几基质内吸收养分，并固着菌体。真菌的菌丝体一般是分散的，但有时可以密集地纠结在一起形成菌组织。
4、菌组织有两种：疏丝组织（prosenchymA.：菌丝体纠结比较疏松，可以看出菌丝的长形细胞，大致平行排列，一般可以用机械的方法使它们分开。
5、拟薄壁组织（PseudoparenchymA.：菌丝纠结十分紧密，组织中的细胞接近圆形、椭圆形或多角形，与高等植物的薄壁细胞相似.一般要用碱溶液才能使它们分开。疏丝组织和拟薄壁组织可以形成菌核、子座、菌索等菌组织机构。
6、菌核（sclerotium）：是真菌的休眠机构，典型的菌核内部是疏丝组织，外层是拟薄壁组织，表层细胞的细胞壁很厚，颜色很深，呈黑褐色到黑色。并且很坚硬。
7、菌核的作用是：（1）贮藏养分（2）抵抗不良环境（3）萌发产生菌丝体或形成产生孢子的机构。子座（stromA.：由拟薄壁组织和疏丝组织构成的垫状结构，其作用是：（1）渡过不良环境（2）形成产生孢子的机构。
8、菌索（rhizomoph）：是由菌组织形成的绳索状机构.高度发达的菌索分化为颜色较深的拟薄壁组织皮层、疏丝组织心层和顶端生长点。

腐生，香菇、平菇；寄生，冬虫夏草、皮肤真菌；共生，鸡纵菇和白蚁、地衣；捕食，捕虫霉目真菌、丛梗孢科真菌。

典型的担子（高等担子菌）是次生菌丝顶端的一个细胞形成的。形成担子的细胞经常是经过锁状联合的，一般是无隔、单胞、棍棒状。