在丝状菌中，形成子囊的过程一般常以火丝菌属（此菌生活在火烧过的土壤表面，是一个体积较小的盘苗）为例，子囊是由产囊丝顶端的子囊钩（钩状体）而形成的。双核在子囊钩内同时分裂，产生4个子核，然后在钩状体内生出横隔形成三个细胞，四核之一在钩状体尖端细胞内，两核在弯曲的细胞内，另一核在基部细胞中。弯曲细胞内的两核，一为雄核另一为雌核，核配发生在此细胞内。核配后的细胞即为子囊母细胞，这个细胞将膨大到原来的好几倍，发展成为子囊。最近通过电镜观察发现，当子囊母细胞内核分裂完毕后，在子囊内出现许多双层膜的泡囊，泡囊沿子囊周围排列，最后连接成一个下端开口，具双层膜的圆筒形的囊状物，把子囊内的大部分原生质和全部细胞核包裹在里面，然后双层膜向里收缩包围各个子核形成双层膜的子囊孢子，随着子囊孢子趋向成熟，每个孢子的外围形成一层壁。