第二类病原微生物，是指能够引起人类或者动物严重疾病，比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。
常见的有：狂犬病病毒、猪瘟病毒、新城疫病毒。

根据农业部第1125号告，我国动物疫病分为一、二、三类，第一类危害程度最大。