1、主要有利影响
（1）解决北方地区水资源短缺问题
（2）增加了水环境容量淮河以北地区河流在枯水季节基本维持断流或干枯的状态，特别是黄河以北和山东半岛地区基本是有河皆干，有水皆污，水环境恶化严重，许多河流基本无水环境容量可言，南水北调东线工程实施后，可将长江优质水源源不断地经输水干线进入各用水区，可长时间保持输水干线河湖及用水区河道的基本流态，恢复河道的基本功能，同时大大地增加了水环境容量和水环境的承载能力。
（3）缓解地下水超采问题黄河以北以及胶东半岛地区地下水超采严重，漏斗面积不断增大，沿海地区地下水含水层受浅层咸水入侵面积不断扩大，不少地区出现地面沉陷、塌陷、裂缝等地质灾害。东线工程建成后，可替换城市供水水源，减少深层地下水的开采量，加之常年输水，对补充地下水源、地面沉降等环境地质问题的缓解起到积极作用。
（4）促进节水治污根本改善调水沿线地区水环境整体质量为实现调水水质保护目标，又必须通过污染源治理、城镇污水处理厂建设、截污导流工程等综合措施，加快了沿线的治污步伐。调水工程实施后，治线地区的水污染负荷将大幅度削减，输水沿线水质将全面达到Ⅲ类水标准。
（5）防止调蓄湖泊富营养化，有效保护湿地生态系统良性循环调水后，输水干线调蓄湖泊水环境得到有效改善，调蓄湖泊换水频繁，换水率将明显提高，可有效防止湖泊富营养化的发生。同时由于调蓄湖泊的平均蓄水位抬高，水面扩大，水生浮游动植物和底栖动物的种类及数量将有上升，改善湿地鸟类的生存环境，同时对发展渔业生产十分有利，避免了湖泊干枯或死水位以下运行造成的生态灾难，有效保护湖泊生态系统的良性循环。
2、主要不利影响及采取的措施
（1）对长江口盐水入侵产生一定影响东线工程调水将会对长江口枯水期盐水入侵带来一定负面影响，特别是枯水年的枯水期。但若通过三峡工程的合理调度，则南水北调工程对长江口盐水入侵产生的负面影响将得到缓解甚至抵消。为防止在枯水期加重长江口地区的盐水入侵，当长江大通站流量小于10000m3/s时，有必要采取“避让”措施，减少抽江流量或暂停调引江水措施，可基本消除调水对长江口盐水入侵的影响。当长江为枯水年或特枯水年时，宜将三峡水库蓄水期提前1个月，即从9月开始，延至10月、11月、12月，以维持枯水期天然下泄水量。
（2）对水环境影响在满足所有假设条件的前提下，输水干线基本可以达到高锰酸盐指数和氨氮指标满足地表水III类的要求。南水北调东线调水水质风险因素较多，如面源污染及养殖、航运等内源污染得不到有效控制，在输水干线特别是湖库内可能出全面落实南水北调东线治污规划及控制单元实施方案，加强调水沿线的水污染防治的监督管理，是保障南水北调调水水质的基础。
（3）对生态环境影响东线工程的施工对沿线的水生生态环境和陆生生态环境造成一定的破坏。造成一定的生物量损失，但其损失量在系统承受范围内。而且由于受影响的动植物在周边地区分布广泛，且无国家重点保护物种，因此对动植物的影响是轻微的。同时，工程弃土堆放会在河道和南四湖形成埝堤，对水陆生生境的能流、物流造成一定的阻隔。
（4）调水对钉螺北移扩散的影响南水北调东线工程实施运行后，调水量增加，输水时间延长，水源区钉螺有可能通过水泵抽吸进入输水河道，以及通过运输及人畜携带的方式传播，造成钉螺的北移扩散，即存在着钉螺通过输水河道在一定范围内扩散的可能性，因此在工程建设运行中，要注意配套血防工程措施，同时要加强这些地区螺情、血吸虫病疫情的监控，并根据其具体情况，采取有效措施，及时防、控血吸虫病流行。
（5）对土壤质量的影响对于黄河以北地区，存在局部地区土壤次生盐碱化问题，要采取渠道防渗和灌区排水等措施，减免其不利影响。