审判监督程序与二审程序的主要区别是：
1、审理的对象不同。审判监督程序审理的是已经生效的裁判，包括已经执行完毕的裁判。对于未执行完毕的生效裁判，如未裁定撤销原裁判或者中止执行，不停止对原裁判的执行；而二审程序审理的只限于尚未发生法律效力的裁判，不存在需要中止执行问题。
2、提起的机关和人员不同。有权提起审判监督程序的是最高人民法院、上级人民法院、各级人民法院院长（提交审判委员会决定）以及最高人民检察院、上级人民检察院；有权提起二审程序的是当事人（被害人除外）及其法定代理人、经被告人同意的辩护人、近亲属，以及与第一审人民法院同级的地方人民检察院。
3、提起的条件不同。提起审判监督程序有着严格的条件限制，必须经过审查，有充分的根据和理由认定生效裁判确有错误，才能依照审判监督程序进行审理；而二审程序只要有合法的上诉或抗诉就能引起，不论上诉或抗诉的理由是否充分，第一审人民法院的上一级法院均必须依照第二审程序进行审理。
4、有无法定期限不同。提起审判监督程序，如果要改有罪为无罪，程序上一般无法定期限限制，主要本着实事求是，有错必纠的原则，随时发现，随时纠正，即使裁判执行完毕，也可能提起审判监督程序重审；二审程序的上诉、抗诉，必须在法定期限内提出，逾期而无正当理由的，第二审人民法院不予受理。
5、审理法院的级别不同。依照审判监督程序审理的法院，既可以是原审的第一审法院或第二审法院，又可以是提审的任何上级法院以及由上级法院指令再审的任何下级法院；而按二审程序审理案件的，只能是第一审法院的上一级人民法院。
6、有无加刑限制不同。依照审判监督程序重新审理的案件，不论是什么机关和人员提起的，既可以减轻被告人的刑罚，也可以加重被告人的刑罚，不受“不得加重被告人的刑罚”的限制；而二审程序必须严格遵守“上诉不加刑”原则，在只有被告人一方提出上诉的情况下，第二审法院不得加重被告人的刑罚。