已商品化的以微生物为表达系统的基因工程药物主要有：人胰岛素、人生长激素、干扰素、白细胞介素、集落刺激因子、红细胞生成素、肿瘤坏死因子、组织型纤溶酶原激活剂、人心钠素、乙型肝炎疫苗等。

从微生物次级代谢产物中寻找各种生理活性物质生产的新微生物药物有：酶抑制剂、免疫调节剂、受体拮抗剂等。

微生物发酵法和酶法可生产药用氨基酸、核苷酸类药物、维生素类药物、辅酶类药物、药用酶等。