高赖氨酸玉米的培育成功，大大提高了玉米的营养价值。据国内、国外对其营养品质进行大量研究结果证明，高赖氨酸玉米蛋白质的品质接近于鸡蛋蛋白质（仅蛋氨酸少一点），与牛奶蛋白质的品质相同。当前，对高赖氨酸玉米的开发利用主要有如下几方面：
（1）食品工业食用高赖氨酸玉米不仅较普通玉米提高营养成分，据我国防疫系统的研究，食用高赖氨酸玉米可以有效地防治癞皮病的发生。因此，各地对高赖氨酸玉米食品进行探索、研究和加工。结果证明，高赖氨酸玉米食品不仅营养价值高，而且口感好，有鲜、甜、香的感觉。例如，用高赖氨酸玉米粉制作的各类饼干，食味酥脆香甜；加工的蛋糕，松软可口；制成饴糖，软而不粘牙。因此，高赖氨酸玉米作为食品工业的原料，在食品工业的开发是具有一定竞争力的。
（2）饲料工业高赖氨酸玉米不仅是质优价廉的食品工业原料，也是非常重要的优质畜禽饲料。据国内、国外进行大量试验证明，用高赖氨酸玉米饲养猪、鸡、鸽、鸭等，都较普通玉米增重快，下蛋多，经济效益显著。并可取代部分豆饼和添加剂，降低生产成本。