选育玉米自交系，首先要确定基本材料，因为它是产生自交系的基础，所以应认真慎重加以选择。
从基本材料中选择优良单株进行自交，其后代称为自交一代（S1），自交一代就会出现性状分离，生长势减弱，形成若干不同的类型。因此，从苗期到成熟期间，要分阶段对每个自交后代进行细致的观察，经过室内外观察、考种结果，选留优良的单穗。第二代播成穗行，根据育种目标按类型选择符合要求的植株继续自交，其后代称为自交二代（S2）。自交二代仍然表现分离，根据育种目标，再从中选株自交形成自交第三代（S3），如此自交，一般经过四、五代的自交，系内株间一些主要性状如叶鞘色、叶形、株型、株高、穗位高、开花期、雄穗颖色、花药色、花丝颜色、穗型、粒型、穗轴色和生育期等方面，都表现整齐一致，从遗传学角度讲，它的遗传组成也达到相对纯合化的程度，这就育成了一个玉米自交系。
在自交系的选育过程中，要认真进行田间观察比较，做好系间淘汰和系内选择，使自交材料少而精。自交系的田间选择一般分三次进行：开花前株选套袋，收获选株选穗，晒干后选穗考种。选择的标准是：生长比较健壮，不倒伏，抗病虫，性状优良，开花正常等，其中以生长势为主要对象。在选择过程中，即使一些性状表现不很突出，也不要轻易地把它淘汰，但它的某些性状足以影响种子繁殖时，如花粉太少，雌穗不易抽出，就应加以淘汰。