一、现场调查
1.调查发病环境和发病史
（1）调查养殖环境确定该环境是否适合养殖
（2）调查养殖史和发病史
2.水质情况调查与分析
（1）水温
（2）水色和透明度
（3）PH值
（4）溶氧
（5）水的化学性质：如硫化氢、氨氮、各种重金属的含量等。
3.了解饲养管理情况
4.了解鱼群的异常表现
二、肉眼检查
1.体表的检查
2.鳃的检查
3.内脏的检查：以肠道为主。
三、显微镜检查
镜检一般是根据肉眼检查时所确定下来的病变部位进行的，在这个基础上，再进一步作全面检查。
1.镜检的方法
（1）玻片压展法
（2）载玻片压展法
（3）病理切片检查
2.各器官的镜检
（1）体表
（2）鳃
（3）肠、胃
（4）其他器官（如血液）（图2、3、4）
四、实验室诊断
1.病原分离鉴定
2.血清学诊断
3.分子生物学诊断
五、疾病诊断时的注意事项
1.在进行现场调查时，如果发生暴发性的大批死鱼，一般依“急剧缺氧——农药或工业废水污染——暴发性流行性鱼病——人为投毒”的思路去分析鱼类的死亡原因。
2.要用活的或刚死亡的养殖动物检查，检查数应在5-10尾以上
3.要保持鱼体湿润
4.取出鱼内部器官，要保持器官的完整和湿润
5.用过的工具要洗干净后再用，避免把病原从一个器官带到另一器官或从一个机体带到另一个机体
6.一时无法诊断的疾病要保留标本