（1）细菌染色常用碱性染料，原因在于微生物细胞在碱性、中性及弱酸性溶液中通常带负电荷，而碱性染料电离后染色部分带正电荷，很容易与细胞结合使其着色。
（2）当细胞处于酸性条件下（如细菌分解糖类产酸）所带正电荷增加时，可采用酸性染料染色。

加热促进芽胞着色。芽胞壁厚，透性低，不易着色，一般染色法只能使菌体着色而芽胞不着色，芽胞呈无色透明状。