在自然水体、尤其是快速流动的水体中，存在着对有机或无机污染物的自净作用。虽有物理、化学的作用、但重要的是各种生物学和生物化学作用，而微生物在其中起了主要作用。好氧菌对有机物的分解；原生动物对细菌的吞噬；噬菌体对细菌的裂解；微生物产生的凝胶物质对污物的粘附、沉降作用。