是一门以现代生物学理论、方法为基础，结合现代工程技术，自觉操纵遗传物质，定向改造物种，大量生产有用代谢产物或发挥微生物独特生理功能的新兴技术。包括：遗传工程、细胞工程、微生物工程（发酵工程）、酶工程（生化工程）、生物反应器工程。相互关系：遗传工程是主导，微生物工程是基础。前两工程主要发挥改造物种的作用，后三个工程主要发挥大量商业化生产的作用。