多相合金、粉末等非均匀材料的特征X射线强度与它的颗粒度有关，大颗粒吸收大，小颗粒吸收小。另外试样表面粗糙不匀也有影响。
克服办法是：尽量把样品磨细，对于短波长的元素粒度在200目以上，对于长波长的元素粒度在400目以上。为了克服试样表面粗糙性的影响，要求将粉末样品压实、表面平滑。

X射线荧光光谱仪通常使用闪烁计数器、气流式正比计数器、封闭式正比计数器三种检测器。

因为轻元素谱线在空气中会受到空气尘埃的散射吸收等，从而使强度降低，增强干扰等负面影响。因此要求分光室处于真空状态。