影响粮豆质量变化的主要因素有温度、水分、氧气、地理位置、仓库结构，粮堆的物理学和生物特性，还有微生物、仓虫、螨类、鼠类、雀类及现代工农业带来的农药等有害毒物。
⑴微生物污染  粮豆表面常有真菌、细菌、酵母的污染。
⑵农药残留  粮豆中的农药残留来自用于控制病虫害及杀菌、除草的直接农药污染和环境中空气、水、土壤的间接农药污染，残留农药随膳食进入人体损害机体健康。
⑶有害毒物  粮豆的主要有害毒物污染主要是化学性的汞、铜、砷、铅、铬、酚和氰化物等，主要来自工业废水和生活污水，一般污水中的有害有机成分经处理后可减轻甚至消除，而无机毒物会通过灌溉造成严重污染。
⑷ 仓虫及其他
仓库害虫种类很多，我国发现有50多种，在适宜的仓温18～21℃以上及湿度65%以上时易在原粮和半成品上生长繁殖，使粮豆发生变质并失去或降低食用价值，粮豆还易受有毒种子及无机夹杂物的污染，如麦角、毒麦、麦仙翁子、槐子、毛果洋茉莉子、曼陀罗子等毒种子及泥沙、金属等无机夹杂物。
控制措施
⑴控制粮豆水分和储藏条件
造成粮豆储藏及加工期间变质的主要因素有霉菌、昆虫。酶、氧等。在储藏期间水分含量过高，粮豆代谢活动增强而发热，霉菌、仓虫易生长繁殖，使发生霉变和变质。因此应将粮豆水分含量控制在安全水分线以下，一般粮谷安全水分12%～14%，豆类10%～13%。储藏温度和湿度过高会增加霉变和变质的危险性，应尽量降低温度和湿度。
⑵搞好仓库卫生
粮豆具有季节生产周年供应的特点，仓储过程中维持粮豆的原有质量，减少储藏损失成为关系到国计民生的大事。要保持粮豆不变质，尤其是不受虫害、霉害，必须搞好粮仓的清洁卫生管理工作。要控制企内的温度和湿度，及时翻倒、晾晒、降温，掌握相应气象条件门窗启闭规律，仓库坚固、防潮、防鼠、防雀，定期监测粮豆水分含量和温度，发现问题及时采取措施，做好定期消毒工作，控制熏蒸剂、杀虫剂、杀菌剂的使用量和残留量。
⑶防止农药和有害金属污染
应合理使用农药，确定用药品种和剂量、施药方式、残留量标准。应定期检测农田及粮豆的金属毒物水平，灌溉水质必须符合标准，工业废水和生活污水必须处理后使用。
⑷防止无机夹杂物和有毒种子污染，搞好运输卫生
在粮豆加工过程中安装过筛、吸铁、风选等设备可有效除去无机夹杂物，加强选种、田间管理及收获后的清理可减少有毒种子污染。粮豆运输须用清洁卫生的专用车，并对运输工具经常消毒。