一、寒凉派——刘完素突出的学术思想史“火热论”。认为伤寒临证各种证侯的出现多与火热有关，主张对热性病“降心火，益肾水”的治疗原则，强调鉴别疾病的本质与假象，主张多用寒凉药物，并深入研究运气学说，在运用时批判其宿命观点。
二、攻下派——张从正反对滥用“局方”温燥治病，理论上力倡攻邪，认为对补和泻的关系强调泻，对攻邪和扶正的关系强调攻。主张疾病无论内、外因素，皆为邪气所致，治病应以攻邪为主，提出汗、吐、下攻病三法，同时注重先攻后补，寓补于攻。
三、补土派——李杲强调脾胃是运化水谷供一身元气之本。提出“内伤脾胃，百病由生”，认为治病应注重补益脾胃，升举中气。临证上李杲善于运用分别补上中下三焦元气，以补脾胃为主的原则。
四、滋阴派——朱震亨充分研究了《内经》以来各家学说关于“相火”的见解，强调“阳常有余，阴常不足”，故主张应免相火妄动，节制食欲、色欲，保养“阴分”，从而保证他在临床上善用的“滋阴降火”之法的效果。朱氏在临证治疗方面反对忽视辨证，滥用《局方》和辛燥药物。