疱疹性口炎的鉴别诊断如下：（1）疱疹样口疮：损害为散在分布的单个小溃疡，病程反复，不经过发疱期；溃疡数量较多，主要分布于口腔内角化程度较差的黏膜处，不造成龈炎，儿童少见，无皮肤损害。（2）三叉神经带状疱疹：是由水痘带状疱疹病毒引起的颜面皮肤和口腔黏膜的病损。水疱较大，疱疹聚集成簇，沿三叉神经的分支排列成带状，但不超过中线。疼痛剧烈，甚至损害愈合后在一段时期内仍有疼痛。本病任何年龄都可发生，愈后不再复发。（3）手一足一口病：为感染柯萨奇病毒A16所引起的皮肤黏膜病，但口腔损害比皮肤重。前驱症状有发热、困倦与局部淋巴结肿大；然后在口腔黏膜、手掌、足底出现散在水疱、丘疹与斑疹，数量不等。斑疹周围有红晕，无明显压痛，其中央为小水疱，皮肤的水疱数日后干燥结痂；口腔损害遍布于唇、颊、舌、腭等处，为很多小水疱，迅速成为溃疡，经5～10日后愈合。（4）疱疹性咽峡炎：由柯萨奇病毒A4所引起的口腔疱疹损害。I临床表现较似急性疱疹性龈口炎，但前驱症状和全身反应都较轻，病损的分布只限于口腔后面，如软腭、腭垂、扁桃体处，为丛集成簇的小水疱，不久溃破成溃疡。损害很少发于口腔前部，牙龈不受损害，病程大约为7天。（5）多形性红斑：为广泛损及皮肤和黏膜的急性疾病。诱发因素包括感染、药物的使用，但有的亦无诱因。口腔黏膜突然发生广泛的糜烂，特别涉及唇部，引起糜烂、结痂、出血，而弥散性龈炎非常少见，皮肤损害有靶形红斑和虹膜形红斑。