利用耳石成分指纹鉴定鱼类种群的原理：耳石中沉积有所生活水域的各种痕量元素成分，其浓度值与生活水域的浓度大小相关，故可通过痕量元素成分的含量测定来寻找其过去所生活过的海域，判断其出生地，从而研究鱼类种群划分。
基本方法是取得各群体的耳石样本，利用ICP－MS质谱仪测定其各种痕量元素浓度，分析不同群体间的差异显著性，并与自然海域中的情况比较。