根据解剖部位可分为以下三种：
（1）膜部缺损：室间隔膜部所占的间隔比例很小，但胚胎发育中有三个部分构成，因而发生缺损机会很大，约占室间隔缺损的79％，常可分为以下三型。①单纯膜部缺损：该型缺损通常较小，且局限于膜部范围内，解剖特点为缺损的四周均有纤维组织。②膜周部缺损：该型缺损通常较大，上缘在室上嵴的后下方，左侧近主动脉右冠瓣瓣环相邻，右后下缘常有部分膜样间隔组织存在，特别大的缺损向后下延伸到三尖瓣隔瓣后而无膜部间隔的残留。③隔瓣后缺损：该型缺损也较大，又称为房室管畸形缺损。整个缺损位于三尖瓣隔瓣之后，前缘常有少许膜部间隔，后缘为三尖瓣环，此型缺损距主动脉瓣稍远而与传导束关系十分密切。
（2）漏斗部缺损：该部位缺损大小不一，发生率在20％左右，可分为以下两型。①干下型：位于室上嵴上方，通常在肺动脉瓣下，对侧为主动脉瓣。小的仅限于瓣下，大的缺损可向下达室上嵴。②嵴内型：位于室上嵴内，四周为完整的肌肉组织，与心脏各瓣膜及传导束均较远。
（3）肌部缺损：该型缺损很少见，位于肌部间隔的光滑部或小梁化部，位置低，四周肌肉性边缘。可单发或多发，形态大小不一，有的多发者经左室面可见为一单一大缺损。