一般来说，在人口一定的条件下，商品和劳务的产出越大，整个社会的生活也将越好。但是，国民收入核算存在一些缺陷，使得它并不能完全准确地反映出一国的实际经济情况，这些缺陷主要是：
（1）在进行国民收入核算中有些经济活动是无法计入的。例如，非法经济活动（毒品的生产与贩卖，投机活动等）；非市场经济活动（自给性生产与服务，物物交易等等）；偷税、漏税不向政府上报的经济活动（地下工厂的生产，私人之间的交易等等），这些都无法计算入国民收入。在具体进行统计时，有些项目也很难准确地计算（例如家庭主妇的劳动与仆人的劳动如何计算），有时中间产品与最终产品很难准确地区分（例如工人穿的工作服算什么产品），有些项目（尤其是劳务这一项）也容易被重复计算等等。
（2）政府的公共物品不进入市场，也找不到有效的方法正确地估算价值。在西方，政府提供的公共物品是以变通的方法用政府雇员的薪金收入按成本价格来计算的。这种估算方法显然存在问题。比如，如果国防安全的外部环境得到了改善而将部分官兵转业从事民用品生产，假定支付给他们的工资不变，按工资成本计量其该国的GDP也就不变。但一国有用产品和服务的总量实际上却增加了，GDP就应增加。可见这种估量方法是有问题的。
（3）国民收入并不能反映出人们由生产中所得的福利变动的情况。例如，它反映不出人们在精神上的满足与不满足；反映不出闲暇所带来的福利；反映不出人们生活质量的变化；反映不出产品质量的进步与产品类别的变动对人们福利的影响；反映不出产量增加造成的环境破坏和恶化对人们福利的影响；也反映不出社会上产品分配的情况及其对社会福利的影响。国民收入的增加也并不等于社会福利的增加。
（4）在运用国民收入的各项指标进行国际比较时，还会遇到许多困难。这不仅仅是各国运用的国民收入核算方法不同而带来的比较困难，就是在用同一种国民收入统计方法的各国之间，由于各国商品化程度的不同，由于各国产品结构与各类产品价格水平的不同，由于各国统计资料的完备性不同等原因也很难以进行准确的比较。