（1）损失应由药材公司承担。因为在合同未对标的物的毁损、灭失的风险进行约定时，在交付前风险由出卖人承担，交付后由买受人承担，同时本案中药材公司本应于9月底前交货，但其履行迟延，因此货物的风险在约定交货日期由药材公司承担。
（2）可以要求退货。违约责任可以是要求对方承担修理、更换、重做、退货、减少价款等违约责任。因为该批货物的质量不符合合同约定，药材公司应当承担违约责任。制药厂可以根据违约的性质，即卫生部门检验该批枸杞已不适宜于制作药材用而要求退货。
（3）可以要求药材公司赔偿制药厂停工所遭受的损失。药材公司不仅履行迟延，而且所交付的货物严重不符合约定用途，已构成根本违约。根据合同法规定，当事人一方不履行合同义务，或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。本案中，制药厂因为药材公司迟延履行，以及药材公司交付了不符合合同要求的货物，致使工厂停工，所造成的损失是合同履行后可以以获得的利益，且该损失的范围为药材公司在订立合同时可以预见到的，因而对工厂停工所造成的损失，应当由药材公司予以赔偿。