运输企业运输计划编制的程序一般划分为调查研究、确定经营目标、综合平衡和制定计划四个阶段。这四个阶段的具体内容如下：
（1）调查研究阶段该阶段工作主要包括调查企业经营的外部环境和内部条件，收集整理和分析研究调查资料，确定编制计划的前提条件和限制性因素三个方面的内容。
①调查企业经营的外部环境A.政治经济技术环境。包括政府的方针、政策、法律等政治环境；国民经济发展的年度计划、五年计划和远景目标，各经济主管部门的专业计划和发展规划，国家经济结构、产业结构、运输结构、对外贸易、生产力布局的现状和趋势，腹地经济发展状况及其对运输的需求等经济环境；现代科技在运输上的应用，如现代运输和装卸技术的应用等技术环境。B.运输市场环境。一是提供运输能力的市场环境，主要有铁路、水路、公路、航空和管道等；二是运输企业客户调查，包括生产经营情况，生产能力规模，产品的品种、产量、原材料，燃料的需求量，以及其调运流向、流量、运输方式和运量分配，线路、港口选择等。C.竞争环境。主要有运输企业之间为了争取货源而展开的以价格、质量、效率、服务等为主要手段的竞争，以项目建设、技术改造等提高生产能力的竞争，以经营要素优化配置、降低经营成本等管理的竞争；国民经济其他行业的其他运输方式进入港口行业经营对运输企业带来的威胁；港口客户在选择运输企业从事产品和原材料运输的能力等。
②调查企业经营的内部条件A.经营实力。包括运输企业运输工具设备、铁路线、库场等方面的硬件设施和生产手段；B.经营能力。包括资源筹措能力、市场开发和揽货能力、生产技术组织能力、对市场变化做出快速反映能力等方面的经营和管理水平、人员素质。
③收集整理和分析研究调查资料在调查企业经营的外部环境和内部条件基础上，应认真分析研究国家政治经济技术环境对运输企业经营活动将会产生的影响及程度，整理分析运输市场调查、订货会议和运输合同等资料、撰写运输市场调查报告，上期计划的预计完成情况及在执行过程中存在的问题和偏差，分析研究企业内部人力、物力、财力资源的保证程度，分析研究本企业经营能力、运输市场竞争态势。
④确定编制计划的前提条件和限制性因素运输企业编制计划的前提条件是指许可、保证条件和限制性条件，这些条件既可能是许可、保证条件，也有可能是限制性条件。在调查研究阶段的一项重要工作内容就是要找出限制性条件，分析限制性条件的各种因素，采取对策将限制性条件转化为许可、保证条件。
（2）确定经营目标阶段该阶段的工作主要包括选择企业经营目标，制定目标水平方案，确定经营目标方案三个方面的内容。
①选择经营目标经营目标是企业一个时期内经营活动的基准和方向，是编制运输计划的直接依据，运输企业的经营目标因目标的不同可分为长期目标和短期目标。长期目标包括：成长目标、利润目标、市场目标、社会责任目标和提高职工满意度目标等，运输企业在选择上述目标时应依据企业内外部的环境条件，根据机会与威胁、优势和劣势情况进行选择。短期目标一般指年度经营目标。运输企业的年度经营目标包括利润、产量、安全质量、消耗、效率等目标。通常选择利润目标作为企业经营的重点目标，其余目标作为支持目标。
②制定目标水平方案企业应根据第一阶段所提供的资料，制订不同的目标水平方案。
③确定经营目标方案确定经营目标方案是企业的重要决策，应充分发动职工，自上而下和自下而上相结合，定性和定量分析相结合，反复比较研究方案的利弊，从中选出最接近目标而又适应关键的限制性条件的满意方案，其余方案留作备用。
（3）综合平衡阶段综合平衡的内容应根据计划的期限和综合程度进行，主要包括：
①需要和能力的平衡；
②经营活动过程各环节的平衡；
③产量、收入、成本、利润之间的平衡；
④长期运输计划和年度运输计划的平衡；
⑤生产、效率与职工工资福利的平衡等。
（4）制定计划阶段制定计划是运输企业运输计划编制的最后一道程序，其主要内容包括：
①明确计划制定的分工。通常情况下运输企业运输计划的制定由计划部门负责组织，具体分工；综合计划和生产计划由计划部门制定，各专业计划由相应的职能部门制定。
②选择编制计划的方法。重点是长期运输计划和年度运输计划，其方法将在本节最后部分详细分析。
③编制计划文件。运输计划文件主要由两部分组成：计划表和文字说明，包括上期预计完成情况分析；本期计划编制的依据和特点；主要计划指标对比分析比较；计划尚存在的问题以及实现计划的对策和措施等。