水质采样与大气采样的不同之处在于，大气试样常常扩散到很远很高的地方，大气采样是三维的，而水质试样常常在规定的水体内，若不考虑水深，采样是二维的。水质采样随监测目的和监测对象不同而不同。
（1）工厂排水口采样。工厂排水口采样的位置就选在排水口或与排放口水质相同的其他地方。采集试样的量，做水质全分析为2~5L，单项分析为100~1000mL。一般工业废水取样和盛样采用聚乙烯塑料容器或带磨口塞的无色玻璃容器。采样时间一般不少于24h。
（2）河流采样。通常把河流划分为上游、中游、下游等几个河段，在每个河段需要在左右两岸和河中轴线以及上、中、下层分别采样。采样时间的间隔以1.5~2h为宜，连续取样时间24~48h。
（3）湖泊采样。湖泊的水体是从四周小河汇集而来的。为了采集有代表性的水质样品可在湖泊周围河流入口处、湖泊中心及溢流口处采集水样。从时间上看，每年至少应在夏、冬季进行两次采样。
（4）海域采样。在海域采集水样时要按照涨潮、落潮的规律定时取样。如果是海洋污染调查，应按特定的方法取样。由于海域水质在一年四季变化较大，所以1年之内取4次以上的样品较为合适。