迄今为止，fMRI的临床研究及应用已经取得很大的进展，主要包括以下内容：（1）fMRI与PET对比应用，研究视觉、听觉、运动和认知活动时脑皮质功能区，结果表明fMRI图像的空间分辨率比PET高两个数量级，二者的研究结果具有相关性。（2）探索fMRI成像参数对图像质量的影响，包括图像的体素大小、回波时间、磁场强度等因素与fMRI信号强度变化的关系。（3）利用fMRI进行脑肿瘤、卒中、癫痫、老年性痴呆等疾病的早期诊断研究。（4）应用选择性化学位移快速梯度回波成像或者EPI与MRS相结合，研究在视觉、听觉、运动和感觉刺激与病变治疗前后脑皮质功能区代谢产物变化的关系，以揭示脑皮质功能区的代谢机制。（5）术前确定大脑皮质功能区的位置及其与病灶的关系，以评价手术可切除范围、避免手术的副损伤，帮助神经外科医生制定手术计划和确定安全手术路径，尤其对微创手术（例如质子刀治疗）具有重要作用。

部分性发作最初的临床和脑电图的改变提示发作起源于大脑的局部，全面性发作脑电图的改变提示发作同时起源于双侧大脑半球。