项目评估的功能主要表现在四个方面：
1.认知功能
农村科技项目评估是科学的“度量衡”，能够使评估主体通过横向、纵向对比分析，较为全面、客观的认识评估客体。农村科技项目评估指标体系既有对短期效益的评估指标，又有对长期效益的考核指标；既有注重经济效益的评估指标，也有注重社会效益和生态效益的评估指标。总体上，农村科技服务项目评估指标体系以定量指标为主、定性指标为辅，突出客观因素在项目评估中的核心地位，从而避免主观影响在项目评估活动中的主导作用。在市场经济条件下，政府以及公共组织提供公共服务主要取决于公共项目中资源的有效配置，项目是否有效可以凭借项目资源利用的绩效评估来进行判断。
2.考评功能
公共项目评估既有宏观评估，也有微观评估；既有管理评估，还有经济评估和社会评估。它通过运用实际数据和资料来评估、分析公共项目实施中存在的问题，总结研究公共项目各阶段变化的内在联系和因果关系，从而使公共资源配置、特别是项目资金使用业绩等方面存在的问题得到真实反映。
3.监督功能
通过项目评估，可以找出农村科技项目管理过程中存在的问题及其形成的原因，明确相关责任方应该承担的责任，因此有利于建立强有力的追踪问责制度和监督机制，促进提高农村科技服务和管理项目取得更好的效率和效果。
4.引导功能
到目前为止，我国一直都是一种粗放型的经济增长方式，这种方式是靠高投入来维持产出效果的，因此投入产出比率低，经济效益不理想，付出了巨大的资源代价和环境代价。所幸的是，人们越来越意识到，建立科学有效的公共项目评估体系，是改进投资效益、提高决策和投资管理水平的重要工具。