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随着免疫学的发展，自身免疫与自身免疫病两概念之间的关系发生了根本变化。长期以来，人们以为自身免疫即等于自身免疫病。近十几年来，此陈旧的观念已被大量的科学证据所修正，认为自身免疫与自身免疫病变属于两个不同的概念。
自身免疫是指机体内存在自身抗体或能与自身细胞反应的T细胞的现象。自身免疫可以是生理性的，对于免疫系统的发育、功能的调节及维持机体内环境的稳定是必要的。自身免疫病属于病理性自身免疫表现。只有当自身免疫应答的产物，自身抗体或自身免疫效应T细胞引起了组织损伤，才能称为自身免疫病。
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