①导入基因是否持续表达。靶细胞寿命短，需反复治疗，治疗过程繁复、成本高。应研究长命的靶细胞（如造血干细胞、骨髓前体细胞）
②导入基因能否高效表达：导入基因表达均不十分活跃，反转录病毒需带有高效启动子
③安全性：反转录病毒载体有诱导肿瘤或并发症的可能。载体病毒自发重组产生有包装能力的辅助病毒或辅助病毒污染，辅助病毒即可扩散感染其他细胞，导致机体突变
④伦理学问题：生殖细胞基因治疗可将遗传改变直接传递给后代，对后代有不可预知的危险性；载体与外源基因的随机插入将影响靶细胞基因组的稳定性，不稳定的基因组同样有不可预知的危险性