特殊儿童早期干预的理论依据包括：
1.器官用进废退说和功能补偿代替说
生物体任何器官频繁地持续使用会逐渐增强这个器官，使之发达；反之则逐渐衰弱，直至最后功能消失。有发展缺陷的儿童大多是由于器官或功能的损伤或丧失所致，但他们中的大多数器官或功能并没有完全丧失，可以通过早期干预进行训练，以建立或保持相应的能力，否则将逐渐丧失。生物体还有一种功能补偿或代替的现象。当机体某一器官发生病变或功能失常时，可通过建立新的条件联系，调动器官残存的能力或其他器官的能力对失去的功能进行补偿或代替。
2.遗传与环境变互作用论
儿童的发展是有机体的先天禀赋能力与外在环境交互影响而产生的。一方面要承认有机体的遗传或先天的限制，另一方面要看到潜在的发展可以被不同的环境所加强或阻碍。
3.关键期理论
诺贝尔奖获得者罗伦兹的研究发现，小鹅在出壳后24小时内有追随某一固定的、走动着的“东西”的行为，过了这个时刻，这种追随行为就难以形成。所以出生以后24小时内，是小鹅形成追随行为的关键期。个体某些能力形成的关键期大多是在学龄前时期。所以对婴幼儿进行早期干预效果最好，可以起到事半功倍的作用。错过最佳时期，效果往往较差。
4.婴儿潜力的研究
婴儿潜力的研究婴儿传统上被认为是“无能”的，但许多儿童心理学家近30年的研究发现：婴儿具有相当“高水平”的先天禀赋能力和反应能力，早期教育与早期干预愈早进行愈好。