流式细胞仪操作技术的质量控制主要涉及三个方面：
（1）光路与流路校正主要目的在于确保激光光路与样品流处于正交状态，使仪器检测时的变异减少到最小，从而控制仪器的CV值；
（2）PMT校准采用质控品进行PMT校准，必要时进行电压补偿，以便仪器检测灵敏度不会因PMT的放大功率降低而改变；
（3）绝对计数的校准采用绝对计数标准品建立绝对计数标准。