流式细胞仪所检测的信号有散射光和荧光信号。
⑴散射光信号：散射光分为前向角散射和侧向角散射，两个参数组合，可区分经裂解红细胞处理后外周血白细胞中淋巴细胞、单核细胞和粒细胞三个细胞群体，或在未进行裂解红细胞处理的全血样品中找出血小板和红细胞等细胞群体。
⑵荧光信号：一种是细胞自身在激光照射下发出微弱的荧光信号，另一种是经过特异荧光素标记细胞后，受激发照射得到的荧光信号，通过对这类荧光信号的检测和定量分析能了解所研究细胞的存在和定量。