阴阳学说应用于中医学，主要用来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化以及疾病的诊断和治疗。
说明人体的组织结构：人体的一切组织结构，都可以用阴阳来划分。如：背部为阳，腹部为阴；五脏为阴，六腑为阳；肝脾肾为阴，心肺为阳。
说明人体的生理功能：人体正常的生命运动，是体内阴阳两个方面保持着对立统一的协调关系的结果。
说明人体的病理变化：首先引起疾病的原因也可划分阴阳，即阴邪、阳邪。疾病的发生，是体内阴阳协调平衡关系紊乱，阴阳失调的结果。这种失调主要是由阴阳消长异常而导致，或阴阳偏盛，或为阴阳偏衰。
用于疾病的诊断和治疗：在诊断方面。审别阴阳是诊察疾病的基本方法。在治疗方面，可确定治疗原则，即阴阳偏盛，损其有余；阴阳偏衰，补其不足。在补阴补阳时，还应注意“阴中求阳”、“阳中求阴”的问题。阴阳学说还用来归纳药物的性能，即药性分阴阳，药味分阴阳，升降浮沉亦分阴阳。

所谓阴阳平衡是讲阴阳双方的势力或数量是相对恒定的。这种相对的稳定状态是靠阴阳之间的对立制约、依存互根来维持的。

自然界的一切事物或现象，都存在着相互对立的两种物质势力，这种对立表现为相互间的制约。