纯净水在去除细菌、杂质的同时，也去除了对人体有益的微量元素和无机矿物质。如长期饮用会造成体内营养失衡，同时还会使人体自制纯水的器官如胃黏膜、血管壁、肝脏、肾脏等功能退化。对那些营养并不富余，且仅从比较单调的食物中获取人体所必需的矿物质的人来说，长期饮用纯净水对健康不利。