品种退化有两方面因素，一方面是品种本身自然变异；另一方面是人为因素造成的。我国品种退化问题比发达国家严重得多，这主要是因为我们国家品种审查登记制度尚未完全建立，相应法律法规不健全，菌种生产分散，从业人员素质差所致。具体表现在：
（1）非品种化菌种的使用和无根据的“新品种”使用，造成品种不均一性，品种混乱。到目前为止，我国尚未完全建立食用菌品种审定、认定和登记制度，种质资源管理也不规范，法律法规和管理制度不健全。由此出现了非品种化菌种的大量使用，加剧了菌种的不均一性和异质性。在生产中，一些供种单位从其它单位引进一支试管母种，并冠以新名作为“新品种”出售；更有甚者，为了追求经济利益，一个品种可当作任何品种出售，购买者要购买什么品种，这个品种就是什么品种；还有的个体食用菌研究所对食用菌子实体进行组织分离后，未经出菇试验以及鉴定就将其培养物冠以“新品种”之名。现在生产中使用的品种有60％~80％都是这样的新品种，如平菇中蔬10号有江都792、佛平、苏平1号等名称，平菇CCEF-89有P89、89、平89、黑89等名称。
（2）品种选育缺乏科学方法，品种性状描述量化不够，缺乏标准条件的限定，使达不到品种质量标准的菌种得以流传和扩大。这类菌种通常使用时间不长，其遗传学异质性和不稳定性就表现出来，即出现“退化”。实质上这并不是品种本身的退化，而是未使用合格的品种，这是菌种不均一和不稳定性造成的。
（3）人为因素导致不良环境条件，如高温、高湿、通气不良、不适宜氮源、不适宜碳氮比、不适宜pH 值等，造成菌种退化。
（4）人为选择错误在菌种生产中时有发生。菌种在生长过程中，由于遗传突变、细胞退化、生理代谢改变及其积累而出现不良的细胞群体。特别是那些小型菌种厂和栽培户专业知识和经验不足，又缺少先进的生产设备和检测条件，难以鉴别正常与不正常的菌种，使不正常菌种得以使用和繁殖，甚至不正常母种继续繁殖扩大和生产。因此，菌种生产单位和栽培户要从有信誉的科研单位、大专院校或菌种保藏机构引种。