（1）人员配置：由于黄册的重要性质，后湖黄册库由明王朝中央直接领导，在洪武年间初建时，由户部恃郎兼管，后由南京通政使司户科给事中、户部清吏司主事主管。人员杂役共二百余人，大造黄册库之年，咽其中包括要抽调国，还要向全国抽调管理人员。
（2）管理制度：
①用纸规格：黄册要求长宽各—尺二寸的厚实绵纸。抄写规格要按照题本的行距书写，不许徐、抹、挖、补和浮贴。装订必须用粗棉白线。使用的浆糊要加松木或矾末，以免虫蛀。
②晾晒制度：黄册库内有严格的定期晾晒制度，当时规定：每年四至十月七个月为晾册时间，十一月至来年二月天冷风急，黄册易损坏，三月不仅有“飞絮”，而是梅雨时节，空气潮湿不宜晾晒。
③放置制度：是按编造年代和所属地域存放，库房和架阁都统一编号，每库放置人木架四座，每座三层，册架一律不用竹制，一定要用木制架阁。
④查阅限制：只准查阅与其职守有关部分，不准代查代抄。
⑤保密制度：黄册库戒备森严，湖内专有军队看守巡逻，湖外每五十米或七十米设一铺台（岗哨），不准工作人员与外界来往，开船开库均有定时，每旬一、六两天才开船运送往来人员和补充岛上给养，过河船只平时加以重锁，钥匙由南京宫内太监掌管。库内不许用火。

明朝的文书档案机构，在中央有内阁、通政使司、六科、司礼监、文书房等。